Rasulullah menempatkan pasukan Islam di kaki bukit Uhud di bagian barat. Tentara Islam berada dalam formasi yang kompak dengan panjang front kurang lebih 1.000 yard. Sayap kanan berada di kaki bukit Uhud sedangkan sayap kiri berada di kaki bukit Ainain (tinggi 40 kaki, panjang 500 kaki). Sayap kanan Muslim aman karena terlindungi oleh bukit Uhud, sedangkan sayap kiri berada dalam bahaya karena musuh bisa memutari bukit Ainain dan menyerang dari belakang, untuk mengatasi hal ini Rasulullah menempatkan 50 pemanah di Ainain dibawah pimpinan Abdullah bin Jubair dengan perintah yang sangat tegas dan jelas yaitu "Gunakan panahmu terhadap kavaleri musuh. Jauhkan kavaleri dari belakang kita. Selama kalian tetap di tempat, bagian belakang kita aman. jangan sekali-sekali kalian meninggalkan posisi ini. Jika kalian melihat kami menang, jangan bergabung; jika kalian melihat kami kalah, jangan datang untuk menolong kami."
Di belakang pasukan Islam terdapat 14 wanita yang bertugas memberi air bagi yang haus, membawa yang terluka keluar dari pertempuran, dan mengobati luka tersebut. Di antara wanita ini adalah Fatimah, putri Rasulullah yang juga istri Ali. Rasulullah sendiri berada di sayap kiri.
Posisi pasukan Islam bertujuan untuk mengeksploitasi kelebihan pasukan Islam yaitu keberanian dan keahlian bertempur. Selain itu juga meniadakan keuntungan musuh yaitu jumlah dan kavaleri (kuda pasukan Islam hanya 2, salah satunya milik Rasulullah). Abu Sufyan tentu lebih memilih pertempuran terbuka dimana dia bisa bermanuver ke bagian samping dan belakang tentara Islam dan mengerahkan seluruh tentaranya untuk mengepung pasukan tersebut. Tetapi Rasulullah menetralisir hal ini dan memaksa Abu Sufyan bertempur di front yang terbatas dimana infantri dan kavalerinya tidak terlalu berguna. Juga patut dicatat bahwa tentara Islam sebetulnya menghadap Madinah dan bagian belakangnya menghadap bukit Uhud, jalan ke Madinah terbuka bagi tentara kafir.
Tentara Quraish berkemah satu mil di selatan bukit Uhud. Abu Sufyan mengelompokkan pasukan ini menjadi infantri di bagian tengah dan dua sayap kavaleri di samping. Sayap kanan dipimpin oleh Khalid bin Walid dan sayap kiri dipimpin oleh Ikrimah bin Abu Jahl, masing-masing berkekuatan 100 orang. Amr bin Al Aas ditunjuk sebagai panglima bagi kedua sayap tapi tugasnya terutama untuk koordinasi. Abu Sufyan juga menempatkan 100 pemanah di barisan terdepan. Bendera Quraish dibawa oleh Talha bin Abu Talha